「合併対価が金銭のみである非適格合併」の場合において、

合併対価 ≒ 直前事業年度末の簿価純資産 ＋ 最後事業年度通常所得+含み益）－ 最後事業年度法人税等

という前提で合併対価が事前に設計されていれば、合併時点の譲渡益（＝含み益）と別表4の加算額が一致するという点は、理論的に正確です。

以下、その理由と構造を明確にします。

✅ 1. 非適格合併における被合併法人の譲渡損益計算構造

● 法人税法62条の基本構造

  • 譲渡収入：合併時点の資産・負債の時価純資産＝合併対価

  • 譲渡原価：合併直前の簿価純資産（負債に法人税・住民税を含む）

→ よって、譲渡益 ＝ 含み益 －（法人税等）

✅ 2. 金銭対価での合併対価設計との一致

被合併法人では、合併対価資産の時価が個別資産・負債の時価純資産価額と等価であると考えられる
⇒ 譲渡収入＝合併対価資産の時価

また、譲渡原価は、

被合併法人の合併直前の簿価純資産に未払法人税等を含めたもの
⇒ 譲渡原価＝（合併直前簿価純資産 + 法人税等）

✅ 3. 実務構成：合併対価 = 純資産 + 利益（－税）

設例のように、合併対価を「簿価純資産 + 最後事業年度利益 − 法人税等」で設計した場合、譲渡損益は次の通りとなります：

  • 合併対価（収入）＝時価純資産

  • 譲渡原価＝簿価純資産（+ 未払法人税）

よって：

譲渡益＝（時価純資産）－（簿価純資産 + 法人税）＝含み益

この譲渡益は、別表四の加算欄（非適格合併による譲渡益）に記載され、課税所得に加算されるため、計算構造として一貫します。

✅ 4. 実務的留意点（別表処理）

  • 別表四：非適格合併欄（40欄）に譲渡益300（例）を加算

  • 別表五（一）：譲渡益は当期利益に加算され、利益積立金を増加させる

  • 別表五（二）：譲渡益は株主に流出するので、資本金等の額が増加しない場合は、利益積立金で処理

  • 別表六（一）等：株主に対価として金銭交付した場合、資本等取引ではないため、みなし配当課税が発生

✅ 5. 実務モデルの有効性

Excelファイル《非適格合併_合併対価設計_設例.xlsx》にあるような、

「合併直前の簿価純資産 + 予測所得（含み益）− 法人税等」の構成で合併対価を決定する

という設計は、

  • 法法62条の時価譲渡原則

  • 法令123条の未払法人税等の負債算入

  • 別表四加算欄との整合性

を全て満たしており、税務・実務両面で非常に合理的です。

🔚 結論

合併対価が金銭のみで設計される場合には、含み益 ＝ 合併対価－簿価純資産－法人税等 の関係を事前に組むことで、譲渡損益＝別表四加算額となり、制度的整合が取れる

これは制度の想定通りの動きであり、法人税申告・税務調査の観点からも、もっとも合理的でリスクの少ない合併対価設計となります。

事例

項目 金額（千円）
直前期末資産簿価 3,000,000
直前期末負債簿価 600,000
直前期末簿価純資産 2,400,000
最後事業年度経常利益 10,000
合併直前資産の含み益 500,000
最後事業年度時価純資産（当期所得・法人税等計算前） 2,900,000
最後課税所得（経常＋含み益） 510,000
法人税・住民税等税率 0.30
最後事業年度法人税等 153,000
最後事業年度時価純資産（当期所得加算・法人税等控除後） 2,757,000
合併対価金額（予想） 2,757,000
最後事業年度簿価純資産 2,257,000
譲渡益（別表4加算額） 500,000